2004年12月10日，商務部頒布了修訂后的《貨物進口許可證管理辦法》和《貨物出口許可證管理辦法》，和海關總署共同頒布了修訂后的《貨物自動進口許可管理辦法》。三個辦法于2005年1月1日起施行。

貨物自動進口許可、貨物進口許可證和貨物出口許可證是我國對外貿易管理的重要方式。原《貨物自動進口許可管理辦法》、《貨物進口許可證管理辦法》和《出口許可證管理規定》是于2002年1月1日起施行的。這三個《辦法》都是相關貨物進出口憑證的操作程序規范。

根據去年開始實行的《行政許可法》、《對外貿易法》和我國加入世貿組織的有關承諾，商務部在廣泛征求各部門意見的基礎上，結合對外貿易管理的工作實際，對《辦法》進行了修改。主要修改的內容包括：對適用范圍和發證機構進行明確；明確規定可以通過書面和網上兩種形式申領證件；刪除關于指定經營的規定；增加關于溢短裝和非一批一證的規定；根據《對外貿易法》進一步明確《辦法》的罰則內容等。